【Stage4——万神殿】
Signas：“Zero，这里的电路有些老化，所以会有漏电的现象，往万神殿里面找找，应该就能找到故障的中枢了，那么，拜托了。”（Mission Start）
（通过漏电地带，来到中BOSS房间：VS 大眼球，
打败它之后继续前进，进入电力中枢）
Signas：“这里就是电力中枢了，故障的导火索应该就在这里了，但是前方检测到非常强烈的异常能量，请小心对付！”
（通过电力中枢之后，进入BOSS房间）
Perseus：“冒犯神明的Irregular，就让我代表神明，给予你天惩！”
护盾蚌蛤：“冒犯神明的家伙是你！”
Perseus：“我根本就不信神……”（降下雷霆）
护盾蚌蛤：“呜啊啊啊啊啊！”
Zero：“我来对付你！”
Perseus：“哼，又跑出来个Irregular，今天真是见鬼了。”
护盾蚌蛤：“Zero，小心！”
Zero：“嗯！你先走！”
护盾蚌蛤：“嗯！”（离开）
Perseus：“原来，我感觉到的一股邪气是你啊，Zero。在众神的面前，坦白你的罪孽吧！”
Zero：“我的罪孽就是没有消灭你。”
Perseus：“狂妄的家伙，我‘翔雷之Jupiter’的Perseus将代替宙斯制裁你！今天，就要让你死在我的神罚里！”
（Warning）
（若被他打败）
Perseus：“不敬神明的家伙就该有此下场，下一次，就将神罚降给全世界吧！”
（打败他后）
Perseus：“呜啊！这…这不可能……邪恶……怎么能……躲过神罚……Abel教授所创造……的新世界……怎么能……容下……你……呢……”（大爆炸）
Signas：“那里的异常解除了，你们可以回来了。”
（Mission Complete）
【Zero 获得 Perseus 的天罚（Tennobatsu）】
【X 获得 Perseus 的 宙斯雷（Zeus Thunder）】
（剧情）
Alia：“这些是保存在档案仓库的X和Zero他们二人的资料，博士。”
Cain：“辛苦你了，Alia。”
Alia：“对了，博士，为什么，只有他们的资料不完全呢？”
Cain：“这个嘛……老朽也不清楚，不过，也许会很惊人……呵呵呵。”
Alia：“不过，眼下最头疼的还是Genesis呢，博士，没有什么办法抑制它吗？”
Cain：“抑制它的办法？这个嘛……也许，必要时，我们要启用Sigma病毒……”
Alia：“Sigma病毒？”
Cain：
“不错，所谓Sigma病毒，是源自于Repliloid自身的‘苦恼回路’，有了这个‘苦恼回路’，就会令拥有Genesis力量的Repliloid
们对自我意识产生动摇，对Genesis的能量产生干扰作用，但是，这也不失为一种以毒攻毒之法……咳、咳咳……”
Alia：“博士！？你怎么了，博士！？”
Cain：“咳…咳……Alia……老朽可能…时日无多了……必要时，告诉X和Zero，千万别伤害Abel，他是老朽……亲弟弟……”
Alia：“什么？！”
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